Из всех заболеваний мочевых органов морских свинок цистит встречается, пожалуй, наиболее часто. Его клинические проявления – беспокойство и частые попытки выделения мочи, которые оказываются безуспешными. Моча может быть кровавой. 

Диагноз устанавливается на основании лабораторных исследований. Лечение назначает уролог. Если лечение антибиотиками в течение 24 часов не окажет желаемого действия, необходимо срочно сделать рентген, так как у морских свинок могут быть мочевой песок и камни. 

Камни можно обнаружить при рентгеновском снимке, в некоторых случаях также необходимо обследовать под микроскопом мочевой осадок. Камни мочевого пузыря надо удалять хирургическим путем. 

Киста яичника наиболее распространенное заболевание половых органов морских свинок. Она встречается у 80% вскрываемых после смерти женских особей. В целом болезнь не имеет клинических проявлений, однако иногда у животных наблюдается симметричное выпадение шерсти на боках, вызываемое гормональными изменениями, причина которых в кистозных изменениях яичников. Иногда можно нащупать кисту величиной с голубиное яйцо. 

Лечение необходимо только в тех случаях, когда болезнь имеет клиническое проявление (например, описанное выше выпадение волос) или если киста становится такой большой, что она начинает оказывать отрицательное воздействие на другие органы. Так как она не может уменьшиться под воздействием медикаментов, то морские свинки часто подвергаются кастрации. Для этого животное усыпляют, кладут на спину и кастрируют, сделав разрез по средней линии живота в области пупка. Чтобы разрез оставался маленьким, рекомендуется произвести предварительное опорожнение кисты яичника пункцией. Тогда яичник проще с помощью крючка привести в положение предлежания и отнять. 

Нарушения родового акта встречаются у морских свинок редко, это происходит в случае, если детеныши слишком велики, а также если женская особь слишком рано стала использоваться для воспроизведения. Диагноз можно поставить при помощи рентгеновского снимка. Однако начинать лечение в большинстве случаев уже поздно. Морских свинок приносят ветеринару уже сильно ослабевшими, когда шансы на то, что они смогут выдержать кесарево сечение, очень малы. 

В большинстве случаев уже можно увидеть кроваво-коричневые выделения из влагалища. Животные настолько слабы, что умирают в течение 48 часов. 

У беременных морских свинок, получающих несовершенный по составу корм или недостаточное количество витаминов, за несколько дней до родов или вскоре после них начинается токсикоз. Звери лежат на боку в апатичном состоянии. Здесь смерть также наступает, как правило, в течение 24 часов. Как правило, начинать лечение уже слишком поздно; инъекции глюкозы и кальция организм больше не воспринимает. В качестве профилактики рекомендуется во время беременности давать животным богатый витаминами корм. Токсикоз беременности встречается только в случае большого приплода или если детеныши очень велики.